Педіатричний факультет Вінницького медичного інституту ім. М.І. Пирогова було відкрито у 1961 році. До його складу увійшли 16 кафедр, з них три – профільні (кафедра педіатрії, як відокремлений підрозділ факультету, створена у 1964 році; кафедра дитячої хірургії – сформована у 1960 році; кафедра дитячих інфекційних хвороб – організована у 1965 році (до цього дитячі інфекційні хвороби вивчали на кафедрі педіатрії)). Основними клінічними базами стали новозбудована обласна дитяча лікарня, обласна клінічна лікарня ім. М.І.Пирогова, центральна районна лікарня, пологовий будинок №2 і дитяча інфекційна лікарня.

Зруйнований у роки війни морфологічний корпус інституту (1944)	Відбудований морфологічний корпус інституту (1958)
Морфологічний корпус ВНМУ ім. М.І.Пирогова (наші дні)	Морфологічний корпус університету
Морфологічний корпус ВНМУ ім. М.І.Пирогова	Новозбудований навчальний корпус ВНМУ ім. М.І.Пирогова
Новозбудована обласна дитяча клінічна лікарня	Актова зала. На лекції. Студенти-педіатри 1967 рік

Вагомий внесок у створенні та розбудові педіатричного факультету внесли його колишні декани. Першим деканом факультету став професор Столярчук Олександр Олександрович (з 1963 по 1972), професор Гоменюк Іван Прокопович (з 1972 по 1984), професор Мороз Василь Максимович (з 1984 по 1986), доцент Псюк Степан  Кіндратович (з 1986 по 1997).

Столярчук О.О.	Гоменюк І.П.	Мороз В.М.

Псюк С.К.	Власенко О.В.

У 1994 році у зв’язку із суттєвими змінами в організації вищої медичної освіти і у практичній охороні здоров’я педіатричний та лікувальний факультети було реорганізовано у єдиний «Медичний факультет» з підготовкою на ньому лікарів за спеціальностями: «лікувальна справа» та «педіатрія».

З 1967 по 1997 роки здійснено 31 випуск та підготовлено більш ніж 4300 лікарів-педіатрів.

У 1996 році було відновлено набір за спеціальністю «педіатрія». У зв’язку зі збільшенням обсягів підготовки студентів-педіатрів в 2001 році виникла потреба у формуванні «Медичного факультету №2». Крім профільних кафедр (кафедра пропедевтики дитячих захворювань та догляду за хворими дітьми, кафедра педіатрії №1, кафедра педіатрії №2, кафедра дитячих інфекційних хвороб та кафедра дитячої хірургії) створені кафедри внутрішньої медицини медичного факультету №2 та хірургії  медичного факультету №2, які опікуються підготовкою лікарів-педіатрів. Деканом медичного факультету №2 було призначено доцента Власенка Олега Володимировича, заступником декана – доцента Школьнікова Володимира Семеновича. У 2003 році у зв’язку з початком підготовки за спеціальністю «медична психологія» на факультеті заступником декана призначено доцента Серебреннікову Оксану Анатоліївну. У тому ж році була сформована ще одна профільна кафедра – кафедра медичної психології та психіатрії.

У 2005 році у звязку із тимчасовим припиненням набору за спеціальностями «педіатрія» та «медична психологія» наш факультет прийняв частину студентів-лікувальників. З 2006 року набір за спеціальностями «педіатрія» та «медична психологія» відновлено.

З 2016 року деканом медичного факультету №2 за конкурсом обрано професора Школьнікова Володимира Семеновича,

заступником – професора Дмитренко Світлану Володимирівну.

З 2016 року підготовка лікарів на факультеті здійснюється за трьома спеціальностями: «медицина», «педіатрія» та «медична психологія».

З 2002 по 2018 рік було здійснено 16 випусків лікарів-педіатрів та 10 випусків лікарів-медичних психологів, загалом понад 2000 випускників.

Особливих успіхів на науковій та педагогічній ниві досягли випускники, які нині стали докторами наук, професорами – Погорілий В.В. (проректор з лікувальної роботи ВНМУ з 2009), Фоміна Л.В. (керівник навчального відділу ВНМУ з 2007), Пухлик Б.М. (завідувач кафедри фтизіатрії та імунології з 1991 по 2014), Сергета І.В. (проректор з наукової роботи з 2006 по 2009, завідувач кафедри загальної гігієни та екології з 1993), Незгода І.І. (завідувач кафедри дитячих інфекційних хвороб з 2006), Яблонь О.С. (завідувач кафедри педіатрії №1 з 2010), Дуднік В.М. (завідувач кафедри педіатрії №2 з 2007), Йолтухівський М.В. (завідувач кафедри нормальної фізіології з 2015), Конопліцький В.С. (завідувач кафедри дитячої хірургії з 2016).

Серед випускників факультету відомі практики, педагоги та організатори охорони здоров’я – Толстанов О.К., Риков С.О., Фомін О.О., Бабій Т.Ф.,  Антонець Т.І., Довгополюк Н.В., Шатіло В.Й., Андрієвський І.Ю., Хомик Є.В., Марченко В.Ф., Драгалюк Ю.А., Ковальська О.А., Правдивець М.М., Слободянюк М.І., Маломуж Ю.П., Слічний О.І., Чепіжний Ю.А. та багато інших  прекрасних лікарів.